Vzdelávanie európskych odborníkov v oblasti viacúrovňového biozobrazovania, analýzy a modelovania vývoja a chorôb stavovcov
- Vedúci výskumnej skupiny: prof. RNDr. Karol Mikula DrSc., karol.mikula@stuba.sk
Zameranie výskumu
Projekt ImageInLife sa zaoberal kľúčovou vedeckou výzvou – porozumeniu mechanizmov, ktorými sa bunky podieľajú na formovaní zložitého organizmu stavovcov. Sieť v rámci programu HORIZONT 2020 združovala popredné výskumné skupiny z celej Európy a partnerov z priemyselného sektora, ktorí sa zameriavajú na vývoj a komercializáciu inovatívnych mikroskopických zobrazovacích technológií. Cieľom projektu je:
- využitie embryí stavovcov ako modelového systému pre vývoj inovatívnych nástrojov na zobrazovanie a analýzu morfogenézy stavovcov,
- príprava novej generácie odborníkov v oblasti zobrazovania biologických dát prostredníctvom výskumnej činnosti a ich zapojenia do interdisciplinárneho prostredia, ktoré podporí ich profesionálny rast a úspešnú kariéru.
Vybrané publikácie
-
PARK, Seol Ah - SIPKA, Tamara - KRIVÁ, Zuzana - LUTFALLA, Georges - NGUYEN-CHI, Mai - MIKULA, Karol. Segmentation-based tracking of macrophages in 2D + time microscopy movies inside a living animal, Computers in Biology and Medicine, Volume 153 (2023) 106499. DOI: 10.1016/j.compbiomed.2022.106499
-
SIPKA, Tamara - PARK, Seol Ah - OZBILGIC, Resul - BALAS, Laurence - DURAND, Thierry - MIKULA, Karol - LUTFALLA, Georges - NGUYEN-CHI, Mai. Macrophages undergo a behavioural switch during wound healing in zebrafish, Free Radical Biology and Medicine, Volume 192 (2022) pp. 200-212. DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2022.09.021
-
KOSA, B., MIKULA, K., UBA, M., WEBERLINK, A., CHRISTODOULOU, N., ZERNICKA-GOETZ, M. 3D image segmentation supported by a point cloud, Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series S, 2021, 14(3): 971-985. DOI: 10.3934/dcdss.2020351
Inflanet
Vzdelávanie európskych odborníkov v oblasti zápalu: od molekulárnych činiteľov cez zvieracie modely až po klinickú prax
- Vedúci výskumnej skupiny: prof. RNDr. Karol Mikula DrSc., karol.mikula@stuba.sk
Zameranie výskumu
Vysoký výskyt chronických zápalových ochorení má výrazný dopad na kvalitu života a náklady na zdravotnú starostlivosť. Urýchlenie vývoja protizápalových liekov predstavuje obrovskú výzvu. To si vyžaduje komplexné porozumenie zápalovým procesom, ktoré nám umožní prepojiť základné genetické, molekulárne a bunkové udalosti s fyziologickými procesmi v zapálených tkanivách. Cieľom projektu je:
- pochopiť, ako sú zápalové signály detekované, integrované a šírené v organizme,
- objasniť genetické základy zápalových porúch a prispieť k rozvoju terapeutických stratégií,
- použiť najmodernejšie intravitálne zobrazovacie techniky na štúdium zápalových procesov a účinkov protizápalových liekov v zvieracích modeloch,
- vyvinúť originálne matematické modelovacie nástroje na analýzu obrovského množstva získaných údajov, s cieľom podporiť vývoj modelov ochorení a poskytnúť lekárom nástroje na pochopenie patologického základu zápalových porúch.
Vybrané publikácie
-
SIPKA, Tamara - PARK, Seol Ah - OZBILGIC, Resul - BALAS, Laurence - DURAND, Thierry - MIKULA, Karol - LUTFALLA, Georges - NGUYEN-CHI, Mai. Macrophages undergo a behavioural switch during wound healing in zebrafish, Free Radical Biology and Medicine, Volume 192 (2022) pp. 200-212. DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2022.09.021
-
LUPI, Giulia - MIKULA, Karol. Vector field reconstruction from sparse samples by triple-Laplacian, ALGORITMY 2024 - 22nd Conference on Scientific Computing, Vysoké Tatry - Podbanské, Slovakia, March 15 - 20, 2024. Proceedings of contributed papers, Editors: P.Frolkovič, K.Mikula and D. Ševčovič, Published by Jednota slovenských matematikov a fyzikov, Bratislava, 2024, ISBN: 978-80-89829-33-0, pp. 85-98
-
LUPI, Giulia - MIKULA, Karol - PARK, Seol Ah. Macrophages trajectories smoothing by evolving curves, Tatra Mountains Mathematical Publications, Vol. 87 (2024) pp. 145-170
